Ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp
Ưu đãi thuế nhập khẩu
Ưu đãi thuế VAT
Hiện tại, đơn giá thuê lại đất đã xây dựng hạ tầng và chí phí sử dụng cơ sở hạ tầng được áp dụng theo Quyết định số 2159/2008/QĐ-UBND của UBND tỉnh Phú Yên được ban hành ngày 24/12/2008, trong đó có quy định cụ thể một số ưu đãi và chính sách hỗ trợ đầu tư cho các khu công nghiệp trên địa bàn tỉnh như sau:
Gía thuê đất đã xây dựng cơ sở hạ tầng: 0,35 USD/m2/năm (giảm 50% nếu thuê trong vòng 4 năm)
Chi phí thuê cơ sở hạ tầng: 0,15 USD/m2/năm (giảm 50% nếu thuê trong vòng 6 năm)

- Nông – lâm – thuỷ sản
- Dệt, may mặc, giày da
- Vật liệu xây dựng chất lượng cao
- Điện tử
- Máy nông nghiệp và ngư lưới cụ
- Chế biến thực phẩm, thức ăn gia súc